1). Fauna Indonesia Bagian Barat
Fauna Indonesia bagian Barat atau tipe asiatis mencakup wilayah Sumatra, Jawa, Bali, dan Kalimantan. Mamalia berukuran besar banyak ditemui di wilayah ini seperti gajah, macan, tapir, badak bercula satu, banteng, kerbau, rusa, babi hutan, orang utan, monyet, bekantan, dan lain-lain. Di samping mamalia, di wilayah ini banyak pula ditemui reptil seperti ular, buaya, tokek, kadal, tokek, biawak, bunglon, kura-kura, dan trenggiling. Berbagai jenis burung yang dapat ditemui seperti burung hantu, gagak, jalak, elang, merak, kutilang, dan berbagai macam unggas. Berbagai macam ikan air tawar seperti pesut (sejenis lumba-lumba di Sungai Mahakam) dapat ditemui di wilayah ini.
2). Fauna Indonesia Tengah atau Tipe Peralihan
Fauna Indonesia bagian Barat atau tipe asiatis mencakup wilayah Sumatra, Jawa, Bali, dan Kalimantan. Mamalia berukuran besar banyak ditemui di wilayah ini seperti gajah, macan, tapir, badak bercula satu, banteng, kerbau, rusa, babi hutan, orang utan, monyet, bekantan, dan lain-lain. Di samping mamalia, di wilayah ini banyak pula ditemui reptil seperti ular, buaya, tokek, kadal, tokek, biawak, bunglon, kura-kura, dan trenggiling. Berbagai jenis burung yang dapat ditemui seperti burung hantu, gagak, jalak, elang, merak, kutilang, dan berbagai macam unggas. Berbagai macam ikan air tawar seperti pesut (sejenis lumba-lumba di Sungai Mahakam) dapat ditemui di wilayah ini.
2). Fauna Indonesia Tengah atau Tipe Peralihan
Fauna Indonesia Tengah merupakan tipe peralihan atau Austral Asiatic. Wilayah fauna Indonesia Tengah disebut pula wilayah fauna kepulauan Wallace, mencakup Sulawesi, Maluku, Timor, dan Nusa Tenggara serta sejumlah pulau kecil di sekitar pulau-pulau tersebut. Fauna yang menghuni wilayah ini antara lain babi rusa, anoa, ikan duyung, kuskus, monyet hitam, kuda, sapi, monyet saba, beruang, tarsius, sapi, dan banteng. Selain itu terdapat pula reptil, amfibi, dan berbagai jenis burung. Reptil yang terdapat di daerah ini di antaranya biawak, komodo, buaya, dan ular. Berbagai macam burung yang terdapat di wilayah ini di antaranya maleo, burung dewata, mandar, raja udang, rangkong, dan kakatua nuri.
3). Fauna Indonesia Bagian Timur
Fauna Indonesia bagian Timur atau disebut tipe australic tersebar di wilayah Papua, Halmahera, dan Kepulauan Aru. Fauna berupa mamalia yang menghuni wilayah ini antara lain kangguru, beruang walabi, landak irian (nokdiak), kuskus, pemanjat berkantung (oposum layang), kangguru pohon, dan kelelawar. Di wilayah ini, tidak ditemukan kera. Di samping mamalia tersebut, terdapat pula reptil seperti biawak, buaya, ular, kadal. Berbagai jenis burung ditemui di wilayah ini di antaranya burung cenderawasih, nuri, raja udang, kasuari, dan namudur. Jenis ikan air tawar yang ada di relatif sedikit.
3). Fauna Indonesia Bagian Timur
Fauna Indonesia bagian Timur atau disebut tipe australic tersebar di wilayah Papua, Halmahera, dan Kepulauan Aru. Fauna berupa mamalia yang menghuni wilayah ini antara lain kangguru, beruang walabi, landak irian (nokdiak), kuskus, pemanjat berkantung (oposum layang), kangguru pohon, dan kelelawar. Di wilayah ini, tidak ditemukan kera. Di samping mamalia tersebut, terdapat pula reptil seperti biawak, buaya, ular, kadal. Berbagai jenis burung ditemui di wilayah ini di antaranya burung cenderawasih, nuri, raja udang, kasuari, dan namudur. Jenis ikan air tawar yang ada di relatif sedikit.